反刍动物与非反刍动物相比有着许多独特的生理功能。反刍动物通过反刍可以把食物嚼碎，增加食物与瘤胃微生物的接触面积，促进微生物对食糜的发酵分解；微生物在反刍动物的消化过程中扮演者十分重要的作用；反刍动物通过微生物的发酵分解，可以促进饲料中粗纤维的消化、将质量差的植物性蛋白质转化为更易于反刍动物消化吸收的微生物蛋白质、利用尿素等非蛋白氮合成蛋白质，此外微生物还能合成相应的维生素提供反刍动物的日常需求。屎肠球菌等益生菌在被反刍动物采食后，可以提高反刍动物对饲料的利用率，提高反刍动物对营养物质的消化吸收能力，改善反刍动物的健康水平。

在水产养殖中的应用

屎肠球菌等乳酸菌类益生菌在水产养殖中，可以起到减少有害微生物、净化水质、改善水产动物生态环境、提高免疫力、促进生长的作用。侯树宇等研究复合微生态制剂在对虾养殖中的应用，研究结果表明，微生态制剂可以明显改善对虾养殖池中的水质，养殖池中CODCr明显下降，去除率高达84.7%；微生态复合菌制剂可显著降低养殖水中的CODCr，使水质处于一种良好的状态。