凝结芽孢杆菌是兼性厌氧菌，在有氧及无氧的环境下都可生长，能适应低氧的肠道环境，对酸和胆汁有较高的耐受性，能够进行乳酸发酵，产生的L-乳酸能降低肠道pH值，减少有害菌，并能促进双歧杆菌等有益菌的生长和繁殖。凝结芽孢杆菌能够形成芽孢，与其他不产乳酸的芽孢杆菌相比有利于恢复胃肠道的微生态平衡。凝结芽孢杆菌芽孢在人体中约4-6h便可萌发，其中85%的菌体可顺利通过消化系统，最终于肠道中萌发并繁殖 。但值得关注的是，凝结芽孢杆菌不同于其它的益生菌，由于菌体在肠道上皮细胞的粘附性较弱，所以在自然条件下一般很难在肠道中存在。因此，作为肠道内的“移民”，凝结芽孢杆菌只能在肠道内做短暂的停留，一次性口服凝结芽孢杆菌后，经过大约4~7d时间肠道内的凝结芽孢杆菌便会通过排便而消失殆尽。所以只有持续服用凝结芽孢杆菌菌剂，才能使得该菌在肠道中充分发挥其益生作用。

凝结芽孢杆菌在100℃高温下10min存活率达到96.4%；在pH2.0的酸性条件下，6h存活率达到48.2%；在0.9%胆盐条件下24h存活率达78.3%，0.3%胆盐条件下存活率达84.3%。在pH为1.0的情况下仍能存活，但在低pH条件下(pH4.0)，凝结芽孢杆菌对热耐受性下降。例如在酸性条件下(pH为4.0)，凝结芽孢杆菌的孢子对热几乎没有耐受性而且生长还会受到控制。此外，Cerrutti等也发现在pH 值小于4.5 和水活度0.96 条件下，凝结芽孢杆菌的生长受到控制。